Die Sicherheitskräfte folterten Gefangene oder misshandelten sie auf andere Weise. Sie gingen mit unverhältnismäßiger Gewalt gegen Protestierende vor, in einigen Fällen sogar mit Todesfolge. Es waren keine angemessenen Mechanismen zur Rechenschaftslegung vorhanden, die Gerechtigkeit gewährleisten oder als effektive Abschreckung gegen polizeiliche Willkür wirken konnten. Das Strafjustizsystem war nach wie vor nicht dazu geeignet, gegen die anhaltende Straflosigkeit bei aktuellen und zurückliegenden Menschenrechtsverletzungen vorzugehen. In Gebieten wie Papua und Maluku gab es massive Einschränkungen des Rechts auf freie Meinungsäußerung. Religiöse Minderheiten, Homo- und Bisexuelle sowie Transgender-Personen waren gewalttätigen Übergriffen und Diskriminierung ausgesetzt. Die Müttersterblichkeitsrate war weiterhin eine der höchsten in der Region Ostasien und Pazifik. Im Jahr 2010 erfolgte keine Hinrichtung. (Stand: 31.12.2010)
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