Mehr als 200 Fälle des "Verschwindenlassens" von Personen sowie mindestens 305 Fälle außergerichticher Hinrichtungen (einige Schätzungen beziffern diese Hinrichtungen sogar auf 1200), die im letzten Jahrzehnt dokumentiert worden waren, blieben unaufgeklärt. Nur wenige der für diese Verbrechen verantwortlichen Personen wurden vor Gericht gestellt. Private bewaffnete Gruppen operierten weiterhin im ganzen Land, obwohl sich die Regierung dazu verpflichtet hatte, sie aufzulösen und zu entwaffnen. Der vorherigen Regierung gelang es trotz der bis 2010 gesetzten Frist nicht, die kommunistische Aufstandsbewegung zu "zerschlagen". So kündigte die neue Aquino-Regierung im August an, dass die Operationen zur Aufstandsbekämpfung ausgeweitet würden. Zwei Jahre nach Beendigung des internen bewaffneten Konflikts lebten Berichten zufolge in Mindanao noch Zehntausende außerhalb ihrer Heimatorte. Die tatsächliche Anzahl der noch nicht zurückgekehrten Binnenvertriebenen war allerdings nicht bekannt. (Stand: 31.12.2010)