Verheerende Überschwemmungen machten Millionen von Pakistanis zu Binnenflüchtlingen, die Unterkünfte, Lebensmittel und ärztliche Hilfe benötigten. Aufständische Gruppen im Nordwesten des Landes und in der Provinz Belutschistan waren für widerrechtliche Tötungen und grausame Bestrafungen von Zivilpersonen verantwortlich. Sie verübten außerdem Selbstmordattentate in den wichtigsten Städten, die zu Hunderten von Toten und Verletzten führten. Die bewaffneten Auseinandersetzungen im Nordwesten des Landes zwangen mehr als 2 Mio. Menschen dazu, ihre Wohnorte zu verlassen. Es gab weiterhin zahlreiche Berichte über Folterungen und Todesfälle im Gewahrsam sowie über Morde im Namen der "Familienehre" und Fälle häuslicher Gewalt, obwohl die Regierung neue internationale Verpflichtungen zum Schutz von Menschenrechten einging. Angehörige der Armee waren für die willkürliche Verhaftung von Zivilpersonen und in einigen Fällen auch für ihre außergerichtliche Hinrichtung verantwortlich.
Es gab neue Fälle von "Verschwundenen", insbesondere in Belutschistan, wo auch zahlreiche Leichen von Opfern des "Verschwindenlassens" entdeckt wurden. Viele Fälle von "Verschwundenen" aus der Vergangenheit blieben weiterhin ungeklärt. Gewalttätige Angriffe auf Angehörige religiöser Minderheiten nahmen zu. Die Regierung ergriff keine Maßnahmen, um diese Übergriffe zu verhindern oder die Täter zu bestrafen. Trotz eines weiterhin bestehenden informellen Hinrichtungsmoratoriums wurden 2010 mehr als 300 Todesurteile verhängt. (Stand: 31.12.2010)